由于历史的原因，我国的私人信用环境还不尽如人意，商业银行的隐性担保维系着社会公众日常的金融交易。同时，我国商业银行事实上由国家财政提供隐性担保，多次的不良资产剥离和注资正是这种隐性担保关系的具体体现。因此，我国商业银行的信用在一定意义上等同于国家信用。在这种特殊的信用环境里，社会公众认为，在银行柜台上销售的所有金融产品，包括基金产品，特别是银行参股控股的基金管理公司发行的基金产品，不言而喻地得到银行乃至国家保证安全的承诺。当商业银行基层员工被摊派推销基金产品时，他们也很乐意突出银行和基金之间的资本纽带关系和隐性担保关系，片面强调高收益，而相对忽视风险教育，从而助长客户安全无忧的情绪。当基金出现风险时，轻则损害银行客户关系，重则迫使商业银行承担客户的损失。这种情况在一些商业银行销售基金产品和信托产品时，已经得到印证。商业银行设立基金管理公司，在某种程度上已经将基金管理公司的社会信誉和商业银行紧密联结在一起，因此，出于银行整体信誉的考虑，商业银行在扶持基金管理公司发展时，势必有意无意地强化这种隐性担保机制，因而使基金风险有机会跨市场地传递给自身。
2、流动性风险
对于基金管理公司而言，投资者认购的开放式基金的资本既不完全属于权益资本，也不完全属于债务资本，而是兼有两者的特点，是一种混合型资本，因而存在流动性风险，甚至严重的挤赎风险。从理论上看，开放式基金的流动性取决于基金资产的流动性，基金资产的流动性往往受制于证券市场的流动性。在我国，由于证券市场蓝筹股和绩优股比较稀缺，同时股权割裂又造成三分之二的股票不能上市流通，使得基金投资可选择性较差，基金持股高度雷同，因而出现许多基金重仓股。当整个市场出现系统性市场风险时，开放式基金就存在流动性支付的压力，甚至遭遇非常严重的挤赎问题。当基金出现流动性问题时，首先需要商业银行的融资支持，因而将流动性支付的压力迅速传递给商业银行。如果出现严重的挤赎风险，从资本纽带角度看，救助基金的责任肯定会落在控股该家基金公司的商业银行身上。
但是，流动性风险传播的途径还不仅仅只有这一条融资渠道。在基金托管和基金销售不完全匹配的情况下，当证券市场出现大牛市或某些基金业绩表现优异时，投资者的资产配置倾向于某些基金资产，基金销售银行的客户存款将会单向流向基金托管银行；当证券市场出现大熊市或某些基金业绩表现低劣时，投资者撤出某些基金，将导致客户存款反向流动，从而在客观上给基金销售银行和基金托管银行都会带来流动性问题。
3、利率攀比风险
随着利率市场化的推进，特别是存款利率上限的放开，基金收益率的波动将会引致资产组合的比价轮动效应，导致存款负债产品出现利率攀比风险。当基金收益率持续、显著地高出存款利率一定空间时，社会公众将会调整资产组合，促使存款持续地向基金转化，而流动性压力将会迫使商业银行不断地提高存款利率，以控制存款持续滑坡而产生的流动性缺口，最终的结果造成存贷利差不断缩减，净利息收入受到较大的负面影响。
从严格意义上讲，上述三种风险并不是因为商业银行设立基金管理公司才导致出现的跨市场风险，而是只要基金产品存在，具备足够的规模，并与商业银行发生密切的业务联系（比如融资、基金销售等），就可能出现上述三种跨市场风险。但是，商业银行设立基金管理公司，在相当程度上强化了隐性担保机制，增加了跨市场风险传递的可能性。 二、控制跨市场风险的主要对策 从世界各国（地区）银行综合化经营的实践看，即使商业银行不直接设立基金管理公司或不直接发行基金产品，跨市场风险也无法完全避免。因此，对跨市场风险，不能简单地堵截，而重在疏导、预防和控制。