小说主人公亚瑟的成长是通过各种矛盾冲突来表现的。这种矛盾冲突主要包括父子关系、宗教信仰两个方面，集中体现在亚瑟同神甫蒙太尼里的关系上。开始时，亚瑟并不知道蒙太尼里是自己的父亲，而只是把他当作慈爱可亲、堪予信任的神甫。当时的亚瑟受到了争取民族解放独立思想的影响，在跟神甫的讨论中坚持认为：做一个虔诚的基督教徒与一个为意大利独立而奋斗的人并不矛盾。他不知道两者在当时的意大利是水火不相容的。神甫对这种天真的想法十分担心，他寄希望于将来能偷偷消除导致亚瑟反教会统治的危险思想。然而亚瑟对神甫因父子私情而产生的宽容却作了错误的理解，认为宗教与革命是可以统一的，并且不恰当地把神甫看作是教会统治的代表。由于这一错觉，当新神甫到来时，他立即遭受惩罚：他和所有的革命党人遭到逮捕。直到他儿时女友琼玛给他一记耳光，人家告诉他新神甫告密，以及蒙太尼里就是他父亲时，他那天真的幻觉才痛苦地消散。他开始认识到民族独立与教会统治是势不两立的。这次挫折对亚瑟来说是一场毁灭性的灾难，同时又是火中凤凰的新生。因此，亚瑟自杀这一情节安排有良好的艺术效果，是小说的精华所在。从此之后，亚瑟再也不是旧“亚瑟”了，他变成了“牛虻”。
牛虻历尽人间肉体与精神的羞辱打击，在那拼命的灵魂中，把理想栓牢在弯曲的躯壳里，他拼命的忍耐着，等待着。他积攒着力量再次和蒙太尼里神甫——宗教的代表——牛虻的亲生父亲的那个上帝作战。把这作为捍卫他心灵的'盾牌，为了这个终极目标的实现，他给自己选择了自我牺牲的道路，以求得蒙太尼里能放弃他的上帝。
诚如他所说“除了跟教士们战斗之外，生命对我毫无意义，我不是一个人而是一把刀，如果你让我活下去，那你就得承认我这把短刀”，面对强大的敌人，在当时无论是物质、思想，还是组织等条件都不具备情况下，他冷眼看这世界，把自己变成一把短刀。而这由人变成短刀的转变，却仅仅是希望蒙太尼里能跟他走。当衷心愿望幻灭时，好像金色晚霞幻化成的仙境，都将随黑暗到来而消逝。面对无奈的结局，为了唤起最爱人的醒悟，他选择了死，惟有死才能在蒙太尼里那顽固心底防线上撕开一个裂口，催醒他那迷蒙而迟疑的惺眼。
牛虻死了，死在朋友与亲人的意外中，死在他明知不可为而又为之的莽撞中，更死在注定的历史悲剧中。“亲戚或余悲，他人亦已歌，死去何所道？托体同山阿”，我甚感这是对他最适合不过的评语了。
刘统勋曾说“做人，就得做出自己的模样来，做出一个在这世上找不出第二个的人来！那怕把人做的很痴，很狂，甚至把自己的影子当成自己的朋友，可他毕竟是做人了！做了一回属于他自己的人！”牛虻自谓一生“没有一个朋友”，率性而为，敢作敢当，倔强不屈，不达目的绝不罢休。他的确做了这世间“找不出的第二个人”，他活出了自己的模样！
“如果自由但不平安，如果平安却不自由，就让往日保存一个美丽的位子吧，不要苛求重逢，不要独钟实现，不要怨甚至不要说......那美丽的位置也许只好放在心里，在想象里，在梦里，只好在永远不能完成的你的长待中......”牛虻说。
自由唯有放弃平安，平安就要放弃自由，他选择着为自由。但对生命“美丽位置”的追求，是让人心酸的，这里面有对琼玛深深的爱，又有对亲生父亲的恨——爱的极致就剩下恨。在爱恨缠绵的情感世界里，为了追求世间纯真而公平的爱，他用死向蒙太尼里挑战，向整个世俗挑战，向统治蒙太尼里那个上帝挑战。
于是，他死了，为了一个人，一个他最爱的人，死了！
“于禁忌之处见风骨，与高天之外见春秋”，他死的伟大而又脆弱，死的留恋，死的无奈，更死的让人揪心！